Принимаю объяснения этого феномена. Парочка моих. Во-первых, Левада-центр спрашивал об Украине сразу же после вопросов об отношении к США и Евросоюзу. К ним относятся плохо, а Украине уже досталось "заодно", как их союзнику. Во-вторых, у ФОМ был вариант "безразлично", а у Левада-центра не было, но это не должно было сильно повлиять. А сильнее должно было еще повлиять то, что ФОМ спросил как вы "лично" относитесь к Украине, а Левада-центр спрашивал о "в целом". То есть когда спрашивают как вы лично относитесь, больше респондентов отвечают на вопрос на отношении на личном уровне, то есть к украинцам. А когда спрашивают как вы "в целом" относитесь, то больше людей отвечают в целом о стране Украина.
В январе 2009 во время газового конфликта между двумя странами было то же самое: у Левада-центра россияне относились у Украине гораздо хуже, чем согласно ФОМ. Хотя динамика та же. Но сейчас разница стала просто колоссальной. Так что я даже не уверен, что мои объяснения могут объяснить всю эту разницу.
